Năm 605, lịch Akania, Vương tử xứ Aritia là Marusu cùng Vương đệ xứ Orlean là Hardin cùng nhau đánh đổ Hắc ám long Medius trong cuộc chiến hắc ám. Một năm sau, Hardin kết hôn với Vương nữ Akania là Nina và trở thành quốc vương đời thứ 24 của đất nước này và kéo các nước lâm vào cuộc chiến hỏa liên miên. Cùng lúc đó, một thanh niên trẻ tuổi do người chơi điều khiển tìm đến thành Aritia để tham dự cuộc thi trở thành kỵ sĩ cận vệ cho Marusu...

Nội dung của Shin Monshō no Nazo tập trung vào bộ 2 của FE3, chiến tranh anh hùng, bí ẩn giấu ấn lửa. Ngoài ra còn có một số thay đổi nhỏ, thêm bớt so với bản FE3 như sẽ liệt kê dưới đây.